日本经济产业省(METI)下设多个局及机构，负责制订并执行各项经济、产业和贸易政策，旨在促进日本的国际贸易和投资，并为日本经济的持续增长创造良好的营商环境。
贸易政策
经济产业省通商政策局由多个按地理区域或功能划分的课组成，主要负责处理日本参与多边机构以及与各贸易伙伴的双边贸易关系等事宜。
进口许可
大部分产品均可自由输入日本，毋须进口许可证。不过，危险物料、动物、植物、易腐品等若干货品，以及在某些情况下的高价物品，在输入日本时要有进口许可证。受进口配额限制的产品，包括某些鱼类产品以及列入《蒙特利尔破坏臭氧层物质管制议定书》的受管制物质，进口日本时必须备妥许可证。
禁止及限制进口
日本禁止进口毒品、枪械、爆炸品、假钞、色情品等物品，以及其他违反知识产权法的产品。此外，日本亦限制销售或使用某些产品，包括与健康有关的产品，如医疗产品、药品、农产品和化学品。有关禁制物品的详情，请浏览日本税关网站。
某些进口货物可能对日本的产业、经济、卫生、公共安全及道德带来负面影响。这些产品根据不同的法律规定属于「限制进口」，必须符合检验或其他规定才可获进口许可证或事先批准。
受限制物品包括但不限于某些农产品及肉类产品、受国际条约禁制的濒危物种及其制品，如象牙、动物部分和毛皮，以及供个人使用而且生产日期已超过两个月的药品和化妆品。
这些受限制产品在运往日本前，日本税关会作出审查及评估。某些化学品，以及食品和化妆品添加剂，亦受到严格规管，并按「正面清单」的做法处理。根据暂准通关证(ATA Carnet)制度，商业和展览样品、专业设备，可毋须缴纳关税入境。
关税和其他税项
平均而言，日本关税属全球最低，非农产品的关税约为2%。完整的关税表可查阅日本税关网站。
某个国家或地区只要符合以下一项或多项条件，日本会给予最惠国待遇：
——世界贸易组织成员
——根据《关税法》第五条制订的政令规定涵盖的国家或地区
——与日本签订双边条约者
日本是世界贸易组织《资讯科技协议》的签署国。该协议商定取消大部分资讯科技产品的关税。
除关税外，众多产品和服务应缴纳8%的消费税。消费税税率订于2019年10月上调至10%。进口酒类和烟草产品亦额外征税。
虽然日本关税普遍较低，但该国对外来产品进口设有不少壁垒，如日本独特的技术标准、过往经验要求、有利于国内制造产品的法规、正式及非正式的同业联盟，以及文化和个人关系等。
海关规定及文件
在日本办理通关手续须提交一些文件。向日本税关提交输入(纳税)申告书时须随附以下文件：
——发票
——海运提单或空运单
——原产地证书(适用世贸组织税率时提交)
——普惠制原产地证书(表格 A)(适用特惠关税时提交)
——装箱清单、运费清单、保险凭证等(必要时提交)
——《海关法》以外的其他法律法规要求提供的许可证、证书等(根据有关法律法规进口限制类货物时提交)
——关税及特别消费税减免的详细说明(货物适用减免税时提交)
——关税缴纳凭证(有关货物须课税时提交)
商业发票应包含付货人及收货人名称，以及每种付运商品的说明。包装清单应包括每个货柜的内容、公制毛重及净重。
标签和标记规定
日本《计量法》规定，所有进口产品及付货文件须采用公制标示重量及长度。日本法例规定，纺织品、电器设备、塑料制品，以及杂项家庭用品和消费品须有标签。一般来说，大多数进口产品通关时毋须附有标签，但在销售点时则须有标签。大部分产品毋须标示原产地，但某些饮料及食品则要就真实资料作出标签及标记。不允许显示原产地以外的国家名称或旗帜，及/或原产地以外的制造商或设计师名称等虚假或误导标签。
日本法例关于产品认证及标签的规定甚多。相关规定的参考资料请参阅日本贸易振兴机构的《工业产品进口规例手册》(英文版) (Handbook for Industrial Product Import Regulations)。
标准
进口产品均要进行产品测试，没有表明达到规定标准的合格证书不得在日本销售。这些标准分两类：技术法规(或强制性标准)和非强制的自愿性标准。符合法规及标准与否由一套认证制度规管，其检验结果用以决定是否作出批准(认证/质量标记)。
日本的代理或合作伙伴应完全了解可能会影响产品在日本销售的多项法例。涉及制订适用产品标准的主要法例有：1)《电气用品安全法》； 2) 《消费品安全法》； 3) 《煤气事业法》； 4) 《食品卫生法》； 5) 《药事法》；6) 《路运送车辆道法》； 7)《建筑基准法》。
日本工业标准调查会(JISC)由经济产业省管理，在日本的标准制订活动中发挥核心作用。截至2016年3月，日本及海外共有24家认证机构获JISC认可。JIS标志证书计划详情请参见JISC网站。
日本农业标准(JAS)标记是另一自愿性并广泛使用的产品品质及标签标记。JAS适用于饮料、加工食品、林木产品、农产品、畜产品、油脂、渔产品，以及从农业、林业和渔业原料加工而成的货品。JAS产品清单及如何向日本出口JAS产品可查阅农林水产省网站。
贸易协定
日本已与新加坡、马来西亚、菲律宾、泰国、文莱、印尼、越南、印度、蒙古、墨西哥、智利、秘鲁、澳洲和瑞士等国缔结了15项自由贸易协定和经济伙伴关系协定。《日本-东盟经济伙伴关系协定》已从2008年起生效。
日本也正在与加拿大、哥伦比亚和韩国谈判自由贸易协定/经济伙伴关系协定，并与中国-韩国、海湾合作理事会(成员有巴林、阿曼、卡塔尔、沙特阿拉伯、阿联酋和科威特)及欧盟谈判区域性自由贸易协定/经济伙伴关系协定，同时参与磋商全面性区域经济伙伴协定(RCEP，包括10个东盟成员国以及分别与东盟签署自由贸易协定的6个国家，即中国、日本、韩国、印度、澳洲及新西兰)。
日本是亚太经济合作组织(APEC)成员。APEC已订立目标，为属发达经济体的成员提供区内自由贸易及投资环境。
2015年10月，跨太平洋伙伴关系协定(TPP)达成协议，日本是环太平洋地区12个签署国之一。在美国总统特朗普宣布退出TPP后，日本正争取与美国磋商双边贸易协定。
香港与日本的贸易
香港的大部分货品，如服装、玩具、珠宝首饰、家居用品、钟表及主要电子产品可以自由输往日本，毋须进口许可证，上文提及的部分限制进口产品除外。
2016年，日本是香港第四大贸易伙伴，双边贸易额达466亿美元。同年，香港对日本的总出口达150亿美元，主要产品包括电讯设备及零件，电脑，玩具、游戏和运动用品，半导体和电子管，以及钟表。香港从日本的进口额为 316亿美元。进口产品主要是半导体和电子管，以及电讯设备和零件。香港也是日本食品的最大出口市场，2016年从日本进口的食品达12亿美元。