海南省自12月20日零时起实施新的机动车辆通行附加费(在燃油销售环节征收)征收标准后，25日又对柴油机动车通行附加费征收方式进行了调整，其中包括：以车辆总质量核定征收标准，以及外省柴油车入岛应按停留天数预缴车辆通行费。
据介绍，为确保车辆通行附加费征收更加公平合理，海南不再以“车辆装载质量”作为柴油机动车核定车辆征费标准计量的依据，而是对载货类汽车按照核定总质量的一半核定征费标准计量。省交通规费征稽局有关负责人称，这主要是依据车辆对路面的损坏程度来确定的，对路面损坏大的车辆就得支付更多的通行费，同时也能较好地解决目前存在的车辆 “大吨小标”问题。比如，有的车辆能装载8吨货物，但出厂时只标明6吨。如按原标准征收，极易导致车辆通行附加费漏缴现象发生。据介绍，车辆总质量=载货重量+车辆自重。
为减轻车主负担，降低行政成本，海南省将原全年统缴改为全年一次缴清、半年两次缴清和按季度分四次缴清的方式，并给予不同的优惠费率。按季度四次缴清机动车辆通行附加费的费额为应征费额的90%，按照半年两次缴清的费额为应征费额的85%，全年一次缴清的费额为应征费额的80%。新增或转入的机动车，在上半年办理缴费的，可按应征费额的85%一次缴清，下半年办理缴费的，可按应征费额的90%一次缴清。而缴费时间不足一季度的不予办理统缴。
对于外省柴油机动车入岛后通行附加费的征缴，海南省也出台新规。过去，外省柴油机动车进入本省两个月以内的，按征费标准的30%缴纳燃油附加费，两个月以上的，从第三个月起，按照规定的征费标准全额缴纳燃油附加费。新征收方式明确规定，外省柴油机动车辆进入本省行驶的，应根据需要在本省停留的天数预缴机动车辆通行附加费。实际停留天数超过预缴费期限的，应当在期满之日起3日内，到征稽机构补缴机动车辆通行附加费。另外，本省柴油车出岛时，可办理停征车辆通行附加费。